עקרונית, נתקבל להלכה שגם אדם שלא נתחייב בברכות השחר יברך אותן, מכיוון שתיקנו אותן על סידורו של עולם. אולם חמש ברכות נותרו במחלוקת: 'על נטילת ידיים', 'אשר יצר', 'אלוקי נשמה', 'המעביר שינה מעיניי' וברכות התורה.

חשוב לדעת, שגם כאשר אין מברכים ברכה מסויימת, ניתן לשמוע אותה ממי שישן בלילה ולצאת בכך ידי חובה. לגבי ברכת התורה יש אפשרות לכוון לצאת ידי חובה בברכת 'אהבת עולם', ולגבי 'אלוקי נשמה' - ב'מחיה המתים'.

למעשה, למנהג הספרדים, לאחר חצות הלילה  ימתין עד אחר צאתו לשירותים ויברך את כל ברכות השחר, חוץ מברכת 'על נטילת ידיים'. את ברכות התורה יברך רק לאחר עלות השחר .

כשמגיע עלות השחר, חייבים לכל הדעות ליטול ידיים כדין. כדאי לצאת אז לשירותים או לגעת במקומות המכוסים, ליטול ידיים שש פעמים לסירוגין, ואז למנהג האשכנזים אפשר לברך גם 'על נטילת ידיים'. המברכים על התורה (או שומעים מאחרים) יפסיקו מלימודם עד אחרי הברכה.

למנהג האשכנזים - 'אלוקי נשמה' ו'המעביר שינה' לא יברך אלא ישמע מאחר בלבד. על התורה לא יברך (רק אם ישן ביום הקודם שנת-קבע). ויש המברכים תמיד על התורה, 'אלוקי נשמה' ו'המעביר שינה'. חסידי חב"ד נוהגים למעשה לברך את כל הברכות לאחר עלות השחר.