מנהג ישראל, החל מתקופת הגאונים, לקרוא פרקי אבות בשבתות אלו. מהטעמים למנהג זה: א) בחודשים אלו ניתנה התורה, ופרקי אבות מכילים את שלשלת הקבלה ממשה רבנו, סייגי התורה, מנהג עוסקיה וכבודה. ובפרט - כהכנה למתן תורה, כמאמר חז"ל: "דרך-ארץ קדמה לתורה". ב) הקיץ הוא זמן לבלוב האילנות ופריחת הטבע, וכדי שלא יימשך האדם לטייל אחרי הטבע ותענוגיו, לומדים דברי מוסר המשקיטים את התאווה ומטהרים את הנפש. ג) בימים אלו מתחיל האדם לעסוק ברפואה ובחיזוק הגוף למשך כל השנה, ורומזים לו, כי באותה מידה עליו לדאוג לתיקון נפשו על-ידי מצוות ומעשים טובים. ד) ימי הספירה הם ימי דין ואבלות, שבהם מתו תלמידי רבי עקיבא, ולב האדם מוכן לקלוט דברי מוסר ומידות טובות.

בדרך-כלל, הספרדים אומרים פרקי אבות בכל שבת שבין פסח לשבועות, ומנהג האשכנזים לאומרם עד השבת שלפני ראש-השנה ועד בכלל. בארץ-ישראל החלו הספרדים לאומרם בשבת שעברה, כבני חו"ל, כדי לסיימם לפני חג-השבועות, ואילו האשכנזים החלו בזה מיד בשבת שאחרי הפסח. בחב"ד עיקר המנהג הוא בין פסח לשבועות, ולכן מתחילים כמנהג הספרדים, אך מוסיפים (ובפרט בדורנו) לומר גם בכל שבתות הקיץ.

אומרים פרק אחד בכל שבת (חוץ ממנהג האשכנזים בשבתות האחרונות של השנה, שאומרים שני פרקים כדי לסיים עם תום השנה). במשנה מסכת אבות יש רק חמישה פרקים, והוסיפו לאמירתם את הברייתא 'קניין תורה' כפרק שישי.

אומרים את הפרק בציבור אחרי תפילת מנחה ולפני סעודה שלישית, ויש מהספרדים האומרים אותו בסיום תפילת מוסף. בדרך-כלל אין מעמיקים בו, אך מה טוב ללמוד לפחות משנה אחת בעיון.