חז"ל תיקנו להזכיר את ניסי החנוכה בשמונה-עשרה (תפילת ה'עמידה') בברכת 'מודים', ובברכת המזון – בברכת הארץ ('נודה לך'), שהרי כל עניין החנוכה "להודאה נתקנה". לכן לא תיקנו לומר זאת בברכת 'מעין שלוש' (שאומרים על שבעת המינים), מכיוון ששם עיקר הברכה אינה הודאה.

נהוג שלא להכריז 'ועל הניסים' קודם שמונה-עשרה, אלא בתפילת ערבית בלילה הראשון של חנוכה טופחים על העמוד להזכיר זאת (וכל-שכן למנהג חב"ד והגר"א שגם 'יעלה ויבוא' אין מכריזים), וכשמגיע שליח-הציבור ל'ועל הניסים' יתחיל זאת בקול.

מאחר שחנוכה אינו מן התורה אלא מתקנת חכמים, מי ששכח לומר 'ועל הניסים' וכבר אמר את שם ה' שבסיום הברכה  ("ברוך אתה ה'") לא יחזור אלא ימשיך בתפילתו. וכשמגיע ל'יהיו לרצון' (ויש חילוקי דעות אם הכוונה לפני 'יהיו לרצון' הראשון או האחרון), וכמו-כן בברכת המזון, כשמגיע לפני 'הרחמן הוא יזכנו', יאמר: "הרחמן הוא יעשה לנו ניסים ונפלאות כשם שעשית לאבותינו בימים ההם בזמן הזה, בימי מתתיהו...".

בראש-חודש אם שכח לומר גם 'יעלה ויבוא' יאמר תחילה "הרחמן הוא יחדש עלינו את החודש הזה", מכיוון ש"תדיר ושאינו תדיר – תדיר קודם". ויש פוסקים לומר זאת מיד אחרי "לעולם אל יחסרנו".

המתפלל בלחש לא ידלג על 'ועל הניסים' כדי להספיק לומר 'קדושה' או 'מודים' עם הציבור.

מקורות: שבת כד,א. טושו"ע או"ח סי' תרפב, ונו"כ. ערוה"ש שם ס"ג. שו"ת צמח צדק או"ח סי' קיג. קצות השלחן סי' מז בבדי השלחן ס"ק יח. אשי ישראל פמ"ח ס"ח, והע' יא וש"נ.